Prüfung, bei der festgestellt werden soll, ob und inwieweit sich der Prüfer auf die zuverlässige und vollständige Erfassung und Verarbeitung der Elemente des zu prüfenden Objektes verlassen kann. Vom Ergebnis der Systemprüfung kann abhängig sein, wie weitgehend nachfolgende Prüfungshandlungen durchgeführt werden müssen. Bei der Systemprüfung wird ein indirekter Soll-Ist-Vergleich vorgenommen. Von besonderer Bedeutung für eine Jahresabschlußprüfung sind die Systemprüfung als Prüfung des Internen Kontrollsystems und die EDV-Systemprüfung.